Les grandes difficultés observées dans les écoles secondaires de GITEGA sont essentiellement axées sur le manque ou l'insuffisance des supports et manuels pédagogique et l'insuffisance des enseignants. Des difficultés qui ne datent pas d'hier, que ce soit pour les écoles à régime d'internat ou d'externat.

Les écoles à régime d'internat ont des problèmes spécifiques liés à l'insuffisance des subsides, à la  vétusté et à l’insuffisance des matelas et autres matériels.

Cela étant, quelques efforts pour redresser la situation dans les écoles ont été faits en vue de mieux se préparer à la prochaine rentrée scolaire, édition 2018-2019. C'est notamment une récente distribution des manuels scolaires dans les classes des deuxièmes années du post-fondamental, hormis la section pédagogique. Mais pas de manuels pour les classes des troisièmes années du post-fondamental, toutes les sections confondues. C'est au moment où dans le post-fondamental technique, aucun manuel, de la 1^ère à la 3^ème année, n'a encore été rendu disponible jusqu'à présent.

Quant à la mesure de revoir à la hausse le minerval, passant de 15.000 franc à 45.000 franc par trimestre dans les écoles à régime d'internat, elle est perçue par les directeurs des écoles comme un ajout aux subsides, tandis que les parents considèrent cette hausse du minerval comme un fardeau, à tel enseigne que certains parents disent qu'ils auront de très grandes difficultés à payer le minerval de leurs enfants. L’autre manquement concerne les orientations qui ne sont toujours pas sorties, et cela à 4 jours seulement de la rentrée scolaire.